Huệ Khả thiếu thời là Nho sinh học nhiều hiểu rộng, thông tuệ hơn người. Sau khi xuất gia, ngài đến chùa Thiếu Lâm núi Tung Sơn bái Đạt Ma làm thầy, tu hành Thiền học. Điển cố “Đoạn tý cầu Pháp” là câu chuyện nói về Huệ Khả chặt cánh tay để tỏ rõ ý chí, bỏ mình cầu Pháp.

Năm Thiên Bình thứ nhất (tức năm 534), Huệ Khả đến Nghiệp Đô (ứng với khu vực huyện Lâm Chương, Hàm Đan ngày nay). Nghiệp Đô thời Bắc Tề có 4000 ngôi chùa, hơn 8 vạn tăng ni, là trung tâm Phật giáo phương bắc. Huệ Khả thường đi lại giữa đất Nghiệp và Vệ. Sau khi phong trào diệt Phật của Chu Võ Đế nhà Bắc Chu bắt đầu, ông ta đã ra chiếu lệnh cho 3 triệu tăng nhân hoàn tục, hơn vạn ngôi chùa bị thiêu hủy, tượng Phật bị đập phá.

Để tránh bị bức hại, Huệ Khả bèn ẩn tích nơi núi rừng. Mãi cho đến sau khi Chu Võ Đế chết, ngài mới quay trở lại chùa Thiếu Lâm. Năm 589, Huệ Khả lại quay trở lại Nghiệp Đô tiếp tục hoằng dương học thuyết Thiền tông.

Năm Khai Hoàng thứ 9 nhà Tùy, Huệ Khả đến chùa Khuông Giáo huyện Thành An ở Hàm Đan truyền giảng học thuyết Thiền tông. Khi đó, ở chùa Thánh Sơn cách đó không xa có một tăng nhân là Biện Hòa cũng đang thuyết giảng Phật học. Do học thuyết Thiền tông rất gần với triết học thế gian, nên người đến nghe Huệ Khả thuyết giảng càng ngày càng nhiều. Rất nhiều đồ đệ của Biện Hòa đã tới tấp chạy đến chỗ Huệ Khả nghe giảng. Thế là Biện Hòa yêu cầu trụ trì chùa Khuông Giáo đuổi Huệ Khả đi.

Bị trụ trì cự tuyệt, Biện Hòa đến chỗ Trạch Trọng Khản, Ấp tể huyện Thành An, vu cáo Huệ Khả truyền bá tà thuyết dị đoan, tụ tập đông người mưu đồ bất chính. Đồng thời ông ta dùng chuyện xưa ngụ ý chuyện nay rằng: Thời Bắc Ngụy có hòa thượng Pháp Khánh, danh nghĩa là dạy người tu hành Phật giáo Đại thừa, thực tế là tụ tập người tạo phản. Ngày nay Huệ Khả lại tự rêu rao Đại thừa, thực tế là ý đồ bất chính. Ấp tể Trạch Trọng Khản liền bắt Huệ Khả lại, định tội truyền giáo trái phép và đánh gậy, đồng thời dâng tấu lên Tùy Văn Đế vu cáo rằng Huệ Khả tuyên truyền học thuyết trái pháp luật, mưu đồ bất chính. Tùy Văn Đế mới bình định thiên hạ, lo lắng tụ tập đông người sinh biến, bèn hạ lệnh xử trảm Huệ Khả.

Ngày 16 tháng 3 năm Khai Hoàng thứ 13 triều Tùy (năm 593), thiền sư Huệ Khả 107 tuổi bị chặt đầu ở huyện Thành An, cách Hàm Đan 12 km về  phía đông nam. Theo sử sách ghi chép: Sau khi Huệ Khả bị chặt đầu, thi thể và đầu chảy ra chất như sữa trắng, màu sắc thân thể vẫn như bình thường. Huyện ấp hạ lệnh đem thi thể Huệ Khả phơi mấy ngày ở cánh đồng hoang phía nam thành. Thi thể không những không thối rữa mà còn tỏa ra mùi thơm kỳ lạ, lan tỏa rất xa.

Người dân trong huyện bàn tán xôn xao. Ấp tể Trạch Trọng Khản rất sợ hãi, hạ lệnh đem thi thể Huệ Khả ném xuống dòng sông Chương. Nào ngờ, thi thể Huệ Khả lại ngồi đả tọa nổi trên mặt nước sông Chương trôi ngược nước 18 dặm, đến thôn Lô Thôn huyện Thành An thì dừng lại. Các đồ đệ của ngài đã vớt lên bờ rồi an táng ở phía bắc thôn Lô Thôn, chính là thôn Nhị Tổ, huyện Thành An ngày nay.

Để rửa mối oan mà Nhị tổ Huệ Khả phải chịu, các đồ đệ của ngài đã bằng nhiều con đường, nhiều lần dâng tấu lên triều đình kêu oan cho Huệ Khả. Tùy Văn Đế vốn tín ngưỡng Phật Pháp, trải qua nhiều lần tìm hiểu đã hiểu ra. Tùy Văn Đế hối hận không còn kịp nữa, nói: Đây chính là chân Bồ Tát. Rồi truyền chỉ điều tra lại sự kiện Huệ Khả bị giết hại, trừng trị nghiêm những quan lại lơ là chức trách. Văn Đế còn làm lễ tế Huệ Khả, đồng thời ban cho Huệ Khả là: Chính tông Phổ giác Đại sư.

Năm Trinh Quán thứ 16 triều Đường, Lý Thế Dân phái võ tướng Uất Trì Kính Đức giám sát việc xây chùa dựng tháp cho Huệ Khả để thờ xá lợi. Thời Tống Nhân Tông, ông đã ban cho ngôi chùa này tên là “Quảng Từ Thiền Viện”. Thời Tống Triết Tông lại ban cho chùa tên là “Nguyên Phù Tự”.

Thời Đại cách mạng văn hóa, những hồng vệ binh đã phá hủy tượng Phật chiếm chùa chiền, đã biến chùa Khuông Giáo nơi Huệ Khả thuyết Pháp thành nhà thờ liệt sỹ. Ngoài ra họ còn tháo dỡ hết các kiến trúc chùa Nguyên Phù Tự – nơi thờ xá lợi của thiền sư Huệ Khả. Sau đó, Sở Bảo quản văn vật còn khai quật mở quan tài Huệ Khả lấy trộm chân thân xá lợi của Huệ Khả.

***

Lịch sử cho thấy những ông vua thi hành chính sách “diệt Phật” tàn bạo như Bắc Nguỵ Thái Vũ Đế, Bắc Chu Vũ Đế, Đường Vũ Tông đều tự chuốc lấy kết cục thảm hại cho mình. Đó là bởi Phật Pháp chân chính không thể chỉ vì tuyên bố của người cầm quyền mà biến thành “tà giáo”. Những người tu luyện giác ngộ cũng không thể chỉ vì bị chính quyền kết tội mà trở thành “kẻ phản nghịch”. Cuối cùng, thời gian sẽ trả lời tất cả. Tuy nhiên, con người trong khi bị mê hoặc lừa dối cần phải tự vấn lương tâm, phân biệt chính tà, bởi nếu tiếp tay cho cái ác, bức hại người tu luyện thì chính bản thân mình phải chịu ác báo.