Theo tác giả Lê Mạnh Thát trong sách "Minh Châu Hương Hải toàn tập", tổ tiên 4 đời của sư Hương Hải là Khởi nghĩa kiệt tiết công thần Trung lộc hầu, người làng Áng Độ, Nghi Lộc, Nghệ An, theo phò Nguyễn Hoàng và đến sống tại Quảng Nam. Thiền sư Hương Hải đã sinh ra tại vùng đất này, tại làng Bình An thượng, phủ Thăng Hoa, tỉnh Quảng Nam hiện nay vào năm 1628.
Năm 18 tuổi ông thi đỗ Hương tiến và được bổ làm tri phủ Triệu phong. Năm Mậu Thìn (1652), ông đến thụ giáo với thiền sư Lục Hồ Vân Cảnh, được đặt pháp tự Minh Châu Hương Hải và pháp hiệu Huyền Cơ Thiện Giác, tiếp đến lại tới học đạo với thiền sư Viên Khoai Đại Thâm. Rồi 3 năm sau, ông từ quan và đi xuất gia lúc mới 30 tuổi.
Một thời gian sau ông đóng thuyền đến cù lao Chàm ở ngoài cửa biển Hội An, dựng 3 gian am nhỏ để ở và tu trì. Hòn đảo này chính là đảo Tim Bút La trong truyện kể ở trên nhưng Nguyễn Lang trong sách Việt Nam Phật giáo sử luận lại nói là cù lao Đại Lãnh.
Thời gian Thiền sư ở đảo này khoảng chục năm, tiếng tăm tu thiền của ông được nhiều người biết đến, trong số đó có Hoa lễ hầu là Tổng thái giám. Hoa Lễ Hầu tâu với Dũng quốc công Nguyễn Phúc Tần (1649-1687) về thiền sư và thiền sư được quốc công mời về trụ trì viện Thiền tịnh ở núi Qui Kính. Mẹ của Nguyễn Phúc Tần và 3 con là Phúc Mỹ, Hiệp Đức và Phúc Tộ đều đến quy y cùng đông đảo quan lính.
Tuy nhiên về sau chúa Nguyễn nghi ngờ sư cùng một đệ tử có ý muốn về Bắc nên bắt sư và người đó tra tấn rồi không có bằng chứng gì nên đưa sư về Quảng Nam. Vì thấy duyên không hợp nên sư quyết chí trở về Bắc. Tháng 3 năm 1682, sư đã ra đến đàng ngoài và được chúa Trịnh Tác sai người đem thuyền đi đón về kinh.
Sau khi xét rõ sư gốc người làng Áng Độ chúa Trịnh sai đưa sư về trấn Sơn Nam đồng thời ra lệnh cho quan trấn thủ là Lê Đình Kiên đo ba mẫu đất công cất am cho sư. Tại đây sư đã có chỗ yên thân nên tu hành càng tinh tấn và đã chú giải các kinh chữ Hán ra chữ Nôm được 30 thiên đem khắc bản ấn hành.
Đến năm 1700, sư sang ở chùa Nguyệt Đường và dựng lại ngôi chùa này. Danh tiếng và đạo hạnh của sư vang lừng khắp nơi nên người đến học hỏi đạo pháp rất đông. Số học trò tinh thôn kinh luật đến hơn 70 người.
Năm 1715, ngày 13 tháng 5 âm lịch, sư biết giờ niết bàn đã đến, bèn tắm rửa xong, mặc áo ca-sa, ngồi kiết già an nhiên thị tịch, thọ 88 tuổi. Các môn đệ xây ngôi tháp 3 tầng thờ sư. Nói về Thiền sư Hương Hải, Hòa thượng Thanh Từ viết: “Tông phong của sư còn thạnh mãi mấy đời về sau. Chùa Nguyệt Đường là một thiền lâm lớn nhất trong nước. Sư là người gây âm hưởng của dòng thiền Trúc Lâm được vang lên trong khoảng mấy trăm năm chìm lặng”.
Sư thuở nhỏ đã thông minh tài giỏi, năm 18 tuổi thi đỗ Hương tiến (Cử nhân) được chọn vào làm Văn chức trong phủ chúa Nguyễn. Sau lại bổ Sư ra làm Tri phủ phủ Triệu Phong (nay là tỉnh Quảng Trị). Năm Sư 25 tuổi rất hâm mộ Phật pháp nên tìm vào học đạo với Thiền sư Viên Cảnh ở Lục Hồ. Được Thiền sư đặt pháp danh là Huyền Cơ Thiện Giác, pháp tự Minh Châu Hương Hải. Sau, Sư lại tìm đến Thiền sư Đại Thâm Viên Khoan để tham học.
Hơn ba năm sau, Sư từ quan xin xuất gia, rồi dong thuyền ra biển Nam Hải trụ trên ngọn núi Tim Bút La, cất ba gian nhà tranh ở tu. Ở đây, Sư chuyên tu thiền định và gìn giữ giới luật tinh nghiêm được hơn tám tháng. Gần đó có biển tên là Ngọa Long Hải và cù lao Đại Lãnh, hai nơi này ít người đi đến, là chỗ hang ổ của ma quái. Chúng ma đã nhiều lần kéo đến làm ngăn trở sự tu hành của Sư, mà tâm Sư vẫn không lay động.
Một đêm vào lúc canh hai, những đồ đệ của Sư bỗng trông thấy một con ma lớn đen sì cao chừng hai trượng (8 th) sồng sộc chạy vào, một lúc rồi biến đi đâu mất. Đến cuối canh ba, bỗng có một con rắn lớn bò đến quấn chặt mình Sư, Sư không cựa động được, cố nhích mình lần tới bàn Phật, niệm chú thần đao, một lát con rắn ấy biến mất.
Lại một hôm, đang giữa ban ngày bỗng mây đen kéo đến trước sân mù mịt, gió cuốn ầm ầm, cây gẫy cát bay, mái nhà bung tốc. Bỗng nghe tiếng như ngàn muôn con mèo kêu ran lên một chập. Sư vẫn điềm nhiên không chút sợ hãi.
Lại một lần, canh vắng đêm khuya, Sư đang ngồi thiền trước điện Phật, hương đèn sáng choang. Bỗng thấy quân ma vừa trai vừa gái đứng vây tứ phía, đứa cầm giáo, đứa cầm mác, đứa dắt trâu, đứa dắt ngựa, đứa dắt voi, nhiều thứ quái tượng. Sư cảm thấy đau bụng, mắt mờ, không thấy ánh sáng của đèn. Sư liền lập chí Kim Cương tưởng lửa tam-muội, quyết đốt cháy thân mình và thiêu cả thế giới. Một lát chúng ma biến đâu mất, cảnh sắc lại quang minh như trước.
Sư cho rằng đất này là ác địa, khó giáo hóa được, bèn trở về quê cũ là làng Bình An thượng, phủ Thăng Hoa, xứ Quảng Nam. Một đêm có người Mán lại gõ cửa Sư và thiết tha mời Sư ra đảo Tim Bút La lại.
Hỏi nguyên do, người Mán thưa: Sư cụ về được bốn ngày, thì cả ba đền ở đảo Tim Bút La, đền Cao Các Đại Vương, đền Phục Ba Đại Vương và đền Bô Bô Đại Vương đều phục đồng lên nói rằng: “Hôm nọ bọn ma tinh tác quái mấy lần để làm não hại Pháp sư, chúng ta ngồi yên xem thử coi ai thắng ai bại. Chúng ta thấy Pháp sư biến hình biến tướng chẳng biết ở đâu, khiến chúng ma tinh phải lui hết. Chúng ta thấy Pháp sư thật là đạo hạnh kiêm toàn, vì vậy nên báo cho dân làng biết đi thỉnh Sư về trụ trì ở đây.” Sư lại một phen cùng đệ tử xuống thuyền trở ra đảo Tim Bút La. Từ đây Sư ở chuyên tu hơn tám năm mà không có gì chướng ngại. Nhân dân rất ngưỡng mộ.
Thuần quận công trấn thủ Quảng Nam có bà vợ đau đã lâu mà không trị lành, nghe danh tiếng của Sư cho người đến rước. Sư lập đàn tụng kinh bảy ngày đêm thì bệnh bà lành. Cả nhà đều kính phục, đồng xin qui y với Sư. Xong việc, Sư trở lại đảo Tim Bút La.
Hơn nửa năm sau, quan Tổng thái giám là Hoa Lễ Hầu ở Quảng Nam mắc bệnh lao đã ba năm, nghe danh Sư cho thuyền ra đón về trị hộ. Sư về lập đàn Đại sám hối trong vòng mười ngày bệnh được khỏi. Hoa Lễ Hầu về Thuận Hóa đem việc đó kể lại cho Dũng quốc công Nguyễn Phúc Tần (chúa Hiền 1648-1687) nghe. Quốc Công ngưỡng mộ sai sứ ra thỉnh Sư về doanh phủ. Quốc Công ra cửa đón Sư vào, thăm hỏi và luận bàn đạo lý rồi lập Thiền Tĩnh Viện ở núi Qui Kính mời Sư trụ trì.
Sư ở núi Qui Kính hoằng hóa, bà Quốc Thái phu nhơn cùng ba công tử là Phúc Mỹ, Hiệp Đức và Phúc Tộ đều xin qui y, quan dân quân lính đều kính mộ, xin qui y có đến một ngàn ba trăm người (1300).
Hình ảnh thêm về Thiền sư Hương Hải và những câu chuyện kỳ bí ít ai biết
