Khoảng 12065 ngôi chùa, chiếm 16% các ngôi chùa trực thuộc 10 tông phái Phật giáo hàng đầu như tông phái Tào Động, phái Tịnh độ chân tông, phái Tịnh độ tông, phái Nhật Liên tông, phái Chân ngôn tông, phái Thiên Thai tông, hệ phái Diệu Tâm tự của phái Lâm Tế.

Cuộc khảo sát của Asahi Shimbun cho biết có 434 ngôi chùa trực thuộc 9 tông phái Phật giáo hàng đầu Nhật Bản đã phải ngưng hoạt động trong một thập kỷ qua, điều này khiến việc thờ cúng tổ tiên tại những ngôi mộ và thực hiện những nghi lễ tưởng niệm của các Phật tử trở nên khó khăn hơn. Nhiều ngôi chùa đang phải vật lộn để duy trì mối liên kết của họ với Phật tử trong vùng và tìm kiếm những tu sĩ kế vị nhất là khi những tu sĩ trẻ thường không mặn mà lắm với những ngôi chùa ở vùng nông thôn.

“ Đối với nhiều cộng đồng dân cư địa phương thì ngôi chùa chính là trung tâm văn hóa và việc một ngôi chùa phải ngưng hoạt động có thể sẽ làm giảm mối quan hệ giữa những người dân. Đây là vấn đề quan trọng nhất đối với các tông phái Phật giáo hiện nay”, giám đốc văn phòng tổng sự vụ của phái Tịnh độ tông cho biết.

Trong số 12065 ngôi chùa không có sư trụ trì thường trú, có 10496 ngôi chùa được quản lý và duy trì tạm thời bởi những nhà sư đến từ những ngôi chùa khác. Những ngôi chùa còn lại có thể kết hợp với nhau hoặc đóng cửa sau khi đã làm thủ tục giải thể tự nguyện dành cho các tổ chức tôn giáo.

Lo ngại về vấn đề này, từ năm 2012 ngôi chùa Miyoshinji đã tuyển chọn một số người về hưu, những người này sẽ trải qua một thời gian đào tạo trước khi phục vụ như một tu sĩ thường trú tại các ngôi chùa không có sư trụ trì quản lý. Thông qua kế hoạch này, đã có hơn 20 người trong độ tuổi từ 60 đến 70 trở thành những giảng sư Phật giáo.

Những công dân đã nghỉ hưu, những người có thu nhập từ lương hưu và một số tài sản khác, được khuyến khích trở thành  người dẫn dắt trong các nỗ lực bảo tồn ngôi chùa –trung tâm văn hóa cộng đồng của họ.