Tiền thân là Tứ Châu Tự (泗洲寺), Phổ Chiếu Tự (普照寺), và sau đó là Phổ Chiếu Viện (普照院). Theo Tuyền Châu Phủ chí (泉州府志), triều đại nhà Minh chép rằng: “Phổ Chiếu Viện (普照院) tọa lạc tại ngọn Ngũ Phong sơn, đảo Gia Hòa lý. Năm Ất sửu (1385), niên hiệu Hồng Vũ thứ 18, Thiền sư Giác Quang tái thiết lại”.

Cuối đời nhà Minh, đầu thời nhà Thanh do binh biến mà ngôi Phổ Chiếu Tự Tự (普照寺) bị phá hủy. Năm Quý Hợi (1683), niên hiệu Khang Hy thứ 22, Tĩnh Hải hầu Thị lang thu phục Đài Loan ở Hạ Môn, thì Phổ Chiếu Tự Tự (普照寺) bắt đầu phục dựng lại, Điện vũ, Tịnh Tăng đường, Đại Bi các, luôn cả Phổ Đà Sơn Đạo tràng Quán Thế Âm Bồ tát tương tự đã đổi danh hiệu là Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), do Pháp sư Tuệ Nhật đệ nhất Tổ sư Khai sơn, ngài nối dòng pháp Thiền Lâm Tế đời thứ 35.

Kể từ đó thông qua lịch đại Trụ trì như các ngài Như Uyên, Cảnh Phong, Tỉnh Kỷ, Chân Trung thay nhau thừa hành Phật sự hoằng pháp lợi sinh, và các Quan viên của những địa phương như Hưng Tuyền, Vĩnh Đạo, Đạo Doãn, Hồ Thế Thuyên và các quan chức địa phương khác cùng nhau góp phần nhiều mở rộng nâng cấp cơ sở Bản Tự này.

Đến năm Ất Mùi (1895), niên hiệu Quang Tự thứ 21 đã được hoàn thành Tam điện Thất đường (三殿七堂), với một ngôi Già lam quy mô, và dựng tôn tượng chư Phật cao lớn nhất ở Thành phố Hạ Môn, tỉnh Phúc Kiến, Trung Quốc.

Năm Giáp Tý (1924), niên hiệu Dân Quốc thứ 13, Hòa thượng Hát Vân tiến cử Pháp sư Pháp Duệ Trụ trì lần lượt thay nhau thừa hành Phật sự tại Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), kế đến Hòa thượng Hội Tuyền về Trụ trì, ngài tiếp nối dòng Thiền pháp Hoàng Bá. Nam Phổ Đà được chuyển đổi từ một ngôi chùa địa phương thành ngôi Tòng lâm dành cho thập phương chúng tăng tới lui tu học.

 Năm Ất Sửu (1925), niên hiệu Dân Quốc thứ 14, Hòa thượng Hội Tuyền sáng lập Phật học viện Mân Nam.

Năm Đinh Mão (1927),  niên hiệu Dân Quốc thứ 16, do niên lạp trưởng, tuổi cao sức yếu, Lão Hòa thượng Hội Tuyền nghỉ hưu tịnh dưỡng và mời Đại sư Thái Hư (太虚大師) (1890-1947) Trụ trì chùa Nam Phổ Đà, kiêm Viện trưởng Phật học viện Mân Nam.

Đại sư chủ xướng xuất bản tạp chí “Hiện đại Tăng già”, sáng lập Hội Phật Học Trung Hoa, gây thành phong trào thống nhất rộng rãi, đường lối rõ ràng, Tông chỉ đứng đắn, có một tác động ảnh hưởng rất ở trong nước cũng như nước ngoài, được sự chú ý của cộng đồng Phật giáo trong và ngoài nước.

Nhất đại Cao tăng Luật sư Hoằng Nhất cũng từng đến Phật học viện Thuyết pháp, Giảng kinh, Cao tăng trong nước ngoài nước cũng nhiều lần đến Viện hoằng pháp, thập phương Phật tử tranh nhau đến học tập, Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), một thời trở thành nơi hoằng pháp quan trọng nhất nước, đã đào tạo hàng trăm Tăng tài ưu tú cho Phật giáo, một vài học viên thậm chí đã trở thành núi Thái Sơn, sao Bắc Đẩu trong nền Phật học hiện nay. Cho đến kháng chiến bùng nổ, Phật học viện Mân Nam mới bị đình chỉ.

Năm Nhâm Thìn (1932), niên hiệu Dân Quốc thứ 21, đáp lời thỉnh cầu của Chính phủ Dân Quốc,  Đại sư Thái Hư (太虚大師) quang lâm Trụ trì Tuyết Mai Tự (雪梅寺), cho nên Đại sư chuyển giao Phật sự Bản tự Nam Phổ Đà (南普陀寺) cho đệ tử Thường Tinh và Tính Nguyện kế nhậm Phương trượng Trụ trì.

Năm Quý Tỵ (1933), niên hiệu Dân Quốc thứ 22, vào tháng 05, sau khi chiến tranh bùng nổ, Hạ Môn bị chiếm đóng thì Đại sư sắp xếp hai vị Pháp sư Giác Bân và Hội Giác kế tục Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺).

Năm Bính Tý (1936), niên hiệu Dân Quốc thứ 25, Đại sư đã ấn hành cuốn Giảng nghĩa Chương Duy Thức học, bản Giảng nghĩa Kinh Ưu Bà Tắc, Kinh Kim Cương, Ba cuốn sách của Từ Tôn v.v. . . ra đời tiếp với bộ Thái Hư Văn sao.

Năm Đinh sửu (1937), niên hiệu Dân Quốc thứ 26, Nhật Bản xâm lược, Trung Hoa kháng chiến. Đại sư bèn lấy tư cách một Tăng sĩ Phật giáo, gửi điện văn thúc Phật Giáo đồ Nhật Bản kháng nghị Chính phủ Nhật Bản đình chỉ hành vi xâm lược tàn bạo, đồng thời Đại sư lấy tư cách một công dân, đứng ra tổ chức các đoàn cứu hộ, cứu giúp nỗi khổ của tất cả nạn nhân chiến tranh, không phân biệt người thân hay quân địch, quân sĩ hay dân chúng, toàn quốc tất cả chiến tuyến đều có đoàn người Từ bi phục dịch cho nỗi thảm cảnh khốn khổ của người bị nạn. Đồng thời, những lời kêu gọi thiết tha của Đại sư kêu gọi dân tộc Nhật Bản đừng xâm phạm sự sống của người, kêu gọi dân tộc Trung Hoa cố bảo vệ sự sống của mình, được quần chúng hưởng ứng và trí giả khâm phục.

Việc làm của Đại sư đều nhắm vào mục đích bảo vệ Chính Pháp và giúp người vơi bớt khổ đau. Đồng thời cũng thể hiện việc hoằng Pháp bằng thân giáo (tự thân thực hành, làm gương), khẩu giáo (Diễn giảng, trứ thuật) và ý giáo (một lòng hộ trì Chính pháp, nhất tâm Từ bi vô ngã vị tha) của Đại sư vẫn tiến hành mãnh liệt. Đại sư đã gióng tiếng Đại Hồng chung linh thiêng cùng hòa nhịp với tiếng súng đại bác trong cuộc chiến tranh, cho thế nhân đem lại niềm tự tin, tia hy vọng.

Năm Kỷ Mão (1939),  niên hiệu Dân Quốc thứ 28, Đại sư đứng ra tổ chức Đoàn phỏng vấn của Phật giáo Trung Hoa, xuất ngoại hoằng pháp khắp tất cả các nơi: Miến Điện, Ấn Độ, Nam Dương, Tích Lan v.v... quần chúng hoan nghênh, kết quả khả quan.

Năm Canh Thìn (1940),  niên hiệu Dân Quốc thứ 29, từ Ấn Độ trở về Trung Quốc, được đại biểu hơn 60 đoàn thể hoan nghênh tại Bồi Đô. Giữa đại hội Đại sư trình bày công việc của đoàn phỏng vấn và tình hình Phật giáo các nơi. Tiếp giảng Chân Hiện Phật Luận và ấn hành trong mùa đông năm ấy.

Năm Tân Tỵ (1941), niên hiệu Dân Quốc thứ 30, Đại sư giảng "Pháp tính Không tuệ học khái luận", "Trung Quốc Phật học" tại viện Giáo lý Hán Tạng, rồi trù bị cải tổ Giáo Hội Tăng già Trung Quốc, lập "Trung học Đại hùng" ở Bắc Bồi và tổ chức "Hội Phật Giáo Trung Quốc", cũng chính Đại sư giữ chức "Ủy viên Chỉnh lý" trong đó.

Năm Đinh Hợi (1947), niên hiệu Dân Quốc thứ 36, vào thượng tuần tháng 02, Đại sư giảng một thời Pháp cuối đời với đề tài "Bồ tát Học xứ" tại Diên Khánh Tự, và sau khi không nhận Huân chương lãnh tụ Tôn giáo của Kháng chiến thắng lợi, Đại sư định triệu tập Đại biểu Đại hội toàn quốc Phật giáo trong ngày 08/04, đồng thời phát động triệu tập Hội nghị Liên Hiệp Phật giáo Quốc Tế. Tất cả công việc đang lên như nước thủy triều, bỗng bệnh cũ tái phát, Đại sư đang cầm bút dịch kinh Đại Bát Nhã, bỗng nhiên an tường xả báo thân, thị tịch vào 01 giờ 13 phút ngày 25/02/AL (17/03/DL, tại Thượng Hải. Hưởng dương 59 Xuân, Pháp lạp 43 Hạ.

Thịnh suy hưng phế là một quy luật tất yếu như một vòng tuần hoàn khép kín. Đại cách mạng văn hóa – 文化大革命) được Mao Trạch Đông khởi xướng và lãnh đạo từ ngày 16 tháng 05 năm 1966, là một giai đoạn hỗn loạn toàn bộ xã hội Trung Quốc diễn ra trong 10 năm từ năm 1966-1976, gây tác động rộng lớn và sâu sắc lên mọi mặt của cuộc sống Chính trị, Văn hóa, Xã hội Trung Quốc.

Ngoài ra, cuộc Cách mạng này đã làm thay đổi quan niệm Xã hội, Chính trị và Đạo đức của quốc gia này một cách sâu sắc và toàn diện. Tệ hại hơn, trong suốt cuộc Cách mạng này, tất cả những gì liên quan đến các Tôn giáo đều bị Hồng vệ binh tàn phá thẳng tay. Nhiều công trình Tôn giáo như Cơ sở Tự viện Phật giáo, Nhà thờ, Tu viện của các tôn giáo khác và cả các nghĩa trang đều bị đóng cửa, bị cướp phá hoặc bị đập bỏ. Trong đó, Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), cũng chung số phận phải chịu cảnh tàn phá của những người Cộng sản vô thần cực đoan tàn ác.

Điều khủng khiếp nhất của chiến dịch là việc sử dụng bừa bãi hình thức tra tấn, giết chóc những người vô tội, trong đó có các bậc Thánh tăng Hiền triết Phật giáo, dẫn đến các vụ tự tử do nạn nhân không chịu được tra tấn và nhục nhã. Riêng Phật giáo Trung Quốc trải qua 10 năm đại nạn “Đại cách mạng văn hóa” (文化大革命) Phật giáo đứng mũi chịu sào, Cơ sở Tự viện bị chiếm, Phật tượng bị đập phá, tăng ni bị trục xuất khỏi chùa.

Những thập niên 50, Mao Trạch Đông, lãnh đạo Cộng sản Trung Quốc xua quân vào Tây Tạng giết sư, đốt chùa và gây ra hằng hà sa số tội ác với một dân tộc Tây Tạng hiền lành chịu đựng.

Thật khủng khiếp cho những người Cộng sản vô thần cực đoan, đã gây ra vô số tội ác với dân tộc đất nước Trung Quốc và các nước lâng bang.

Vào thập niên 80, nhà cầm quyền Cộng sản Trung Quốc thực hiện Chính sách cải cách đổi mới, bắt đầu toàn diện quán triệt thực hiện Chính sách Tự do Tín ngưỡng Tôn giáo, Cơ sở Tự viện Phật giáo lần lượt khôi phục sinh hoạt, Tăng ni xuất gia càng ngày càng đông, nhưng Tăng tài của Phật giáo thì lại quá giới  hạn, không đủ nhân lực kế tục sự nghiệp hoằng dương Chính pháp, tiếp dẫn hậu lai, làm sao có thể thay đổi được vận mệnh của Phật giáo ? Cư sĩ Triệu Phác Sơ, Hội trưởng Hội Phật giáo Trung Quốc, phát biểu : "Vấn đề quan trọng trước mắt của Phật giáo là: điều thứ nhất là Giáo dục Đào tạo Tăng tài, điều thứ hai là Giáoc dục Đào tạo Tăng tài, điều thứ ba vẫn là Giáo dục Đào tạo Tăng tài". Dưới mục tiêu lãnh đạo của Hội trưởng Triệu Phác Sơ, để Chấn hưng Giáo dục Tăng già Phật giáo Trung Quốc, Trung Quốc Phật giáo giới nỗ lực tiến hành thành lập Phật học viện, đặt ra các quy hoạch giáo dục Phật giáo, đưa ra hàng loạt phương châm giáo dục.

Năm Ất Sửu (1985), dưới sự dưới sự trăn trở cho tiền đồ mai hậu của cư sĩ Triệu Phác Sơ, Hội trưởng Hội Phật giáo Trung Quốc cùng với Pháp sư Diệu Trạm đã khôi phục Phật học viện Mân Nam, và Pháp sư Diệu Trạm kiêm nhậm Viện trưởng. Sau khi Pháp sư Diệu Trạm viên tịch, Pháp sư Thánh Huy, Phó hội trưởng Hiệp hội Phật giáo Trung Quốc kiêm phương trượng Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), đương nhậm Viện trưởng. Sự quản lý của Phật học viện Mân Nam thực hành "Viện trưởng Trách nhiệm chế, Giảng viên Sính nhậm chế, Học sinh Đào thải chế"; Công tác Phật Học viện thực hành" Chế độ hóa, Trật tự hóa, Khoa học hóa". Phật học viện Mân Nam là một Viện Phật học Chuyên khoa Cao cấp hệ Hán ngữ, học chế 4 năm. Chương trình học lấy Kinh Luật Luận và Lý luận cơ bản của các Tông phái làm cơ sở Tam học Giới Định Tuệ đều được xem trọng, Kinh điển Đại tiểu thừa, nội điển ngoại điển đều được song song giảng dạy, môn học Phật học chiếm 60% ; Chính trị, Văn, Sử, Triết … chiếm 40%.

Trải qua 15 năm phát triển, Phật học viện Mân Nam đã trở thành một học viện Phật giáo với quy mô lớn, lực lượng ban Giảng huấn hùng hậu, thiết bị giảng dạy hiện đại tiên tiến và có số lượng học Tăng nhiều nhất trong nước.

Năm Ất Hợi (1995), Đại lão Hòa thượng Diệu Trạm viên tịch. Năm Đinh Sửu (1997), Cư sĩ Triệu Phác Sơ, Hội trưởng Hiệp hội Phật giáo Trung Quốc đề nghị Hiệp hội Phật giáo tiến cử Hòa thượng Thánh Huy, Phó Hội trưởng Hiệp hội Phật giáo Trung Quốc, vào ngôi vị Phương trượng Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺) đời thứ 9, kiêm Giám viện Lý văn Pháp sư, sau đó, Hòa thượng cùng với Pháp sư Định Hằng đó đây hoằng pháp, sinh hoạt Phật sự các quốc gia như Singapore, Nhật Bản, Hồng Kông . . . Năm 2000 đến năm 2003, Hòa thượng Thánh Huy được tái nhiệm Phương trượng Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺) đời thứ 10 và 11.

Hòa thượng Thánh Huy tiếp tục hành trình giao lưu Hoằng pháp quốc tế, và giao lưu với của Thủ tướng Đan Mạch, Anders Fogh Rasmussen tại Bổn quốc, Cộng đồng Phật giáo Hàn Quốc, lãnh đạo Quốc hội Ecuador, Romania và các nước khác để cùng xây dựng quan hệ hai bờ eo biển và giao lưu cộng đồng Phật giáo Phúc Kiến và Đài Loan, Chủ trì Đại Pháp hội kỳ phúc đại dịch SARS bùng phát ở Hồng Kông, (Đại dịch bùng phát tại Hồng Kông sang lây nhiễm nhiều người khác tại 37 quốc gia trên thế giới vào đầu năm 2003).

Do Giới hạnh trang nghiêm và tuệ học thông thái và óc tổ chức, cho nên Hòa thượng Thánh Huy được cung thỉnh Kiêm Phương trượng nhiều Danh lam Cổ tự như Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), Cam Lộ Tự (甘露寺), Cửu Hoa Sơn, huyện Thanh Dương, về phía Tây tỉnh An Huy, Linh Quang Tự, (靈光寺) Tây Sơn, Bắc Kinh, Ngọc Phật Tự (玉佛寺), Liêu Trữ An sơn, Thiền viện Thiên Tân Đại Bi (天津大悲禅院), Bác Ngao Thiền Tự (博鳌禅寺), Hải Nam, Phúc Thọ Tự (福寿寺), Nam Nhạc. . . còn đảm trách nhiều chức vụ trong Hiệp hội cũng như các Phật học viện khác.

Năm Giáp Thân (2004), Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺) đã long trọng cung đón phái đoàn Hoằng Pháp của Thiền sư Nhất Hạnh đến dạy thiền cho Tăng chúng cùng phật tử.

Tháng 10 năm 2005, Pháp sư Tắc Ngộ được bổ nhiệm Phương trượng Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺) đời thứ 12.

Năm Mậu Tý (2008), Pháp sư Tắc Ngộ được tái nhiệm Phương trượng Trụ trì Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺) đời thứ 13. Thời gian ở cương vị Phương trượng Trụ trì, Pháp sư tích cực triển khai việc đoàn kết pháp duyên hai bờ, cùng xúc tiến giao lưu cộng đồng Phật giáo Phúc Kiến và Đài Loan, và thúc đẩy sự phát triển hòa bình quan hệ hai bờ eo biển, Chủ trì tu bổ trùng kiến Công trình Nam Phổ Đà Tự (南普陀寺), Đại Hùng bảo điện, Công Đức lâu, Thượng Khách đường, Pháp đường, Tàng Kinh lâu . . . để cải tạo trong xây dựng với vốn đầu tư lên đến 1,08 triệu nhân dân tệ, cải tạo 74,1 mẫu Anh cây xanh cho rừng đồi phía sau Bản tự, và toàn bộ chi tiết của tổng thể Quy hoạch.

Qua một thời gian điêu tàn theo chiến tranh, sau khi Tân Trung Quốc lập quốc, ngôi Già lam Phật địa lại được phục hưng. Hiện nay, Điện đường Lầu viện được xây dựng lại, nguy nga bề thế; Lâm cung Phạm vũ cũng được trùng tu, huy hoàng tráng lệ; chúng thường trụ đến số vài trăm, trang nghiêm phạm hạnh; Phật học viện Mân Nam được tái lập, giáo học tinh chuyên. Ngôi cổ sát được sống lại, pháp vận càng xương long, đạt đến thời thịnh thế của lịch sử; vượt cả sự rực rỡ của thời đại.

Chùm ảnh Danh lam thắng cảnh Nam Phổ Đà, Tp. Hạ Môn, tỉnh Phúc Kiến, Trung Quốc. Trân trọng kính mời quý đọc giả vòng quanh thưởng lãm ngôi Cổ tự gắn liền với sự thịnh suy, trãi bao thăng trầm cùng vận nước của Trung Hoa: