Hiện tượng độc đáo khác, đó là câu chuyện về Thiền sư Từ Đạo Hạnh (1072-1116), truyền thuyết lưu rằng, sau khi Từ Đạo Hạnh chết, ông cho Thiền sư Minh Không biết mình sẽ đầu thai thành con của Sùng Hiền Hầu là em trai của vua Lý Nhân Tông (vị vua này không có con nên đã nhường ngôi cho con của Sùng Hiền Hầu là Lý Dương Hoán, người con này chính là Từ Đạo Hạnh đầu thai, sau là vua Lý Thần Tông). Khi làm vua, Lý Thần Tông mắc bệnh lạ, người vua mọc lông và gầm như cọp, quần thần phải dùng cũi vàng nhốt vua, người cứu chữa được là Đại sư Nguyễn Minh Không.

Đại sư Nguyễn Minh Không (1076-1141, đời thứ 13, dòng Tỳ-ni-đa-lưu-chi), năm vua Lý Thần Tông 21 tuổi, bỗng nhiên mắc bệnh biến  thành cọp, cuồng loạn đáng sợ. Triều đình phải làm cũi vàng nhốt vua trong đó. Khi ấy có đứa bé ở Chân Định hát rằng:

Nước có Lý Thần Tông

Triều đình muôn việc thông

Muốn chữa bệnh thiên hạ

Cầu được Nguyễn Minh Không.

Lời hát đồn đến triều đình, triều đình sai người đi mời Đại sư về triều chữa bệnh cho vua. Người do triều đình phái tới mời Đại sư, mới tới nơi Sư đã nói: “Có phải là việc cứu cọp đó ư?”. Viên quan chỉ huy hỏi: “Sao Đại sư biết trước?”. Sư bảo: “Ta đã biết việc này trước ba mươi năm”. Đại sư đến triều vào trong điện ngồi, lên tiếng bảo: “Đem vạc dầu lại, trong đó để một trăm cây kim, và nấu dầu cho sôi, rồi đem cũi vua lại gần đó.” Mọi việc sư dặn đã chuẩn bị xong, sư cho tay vào vạc dầu sôi, lấy ra một trăm cây kim, găm kim vào thân vua và nói: “Quý là trời”. Tự nhiên lông, móng, răng cọp đều rụng hết, vua khỏi bệnh, thân trở lại như cũ.

Các hiện tượng trên đều là truyền thuyết, riêng Đệ nhị tổ Thiền phái Trúc Lâm, Thiền sư Pháp Loa là có thật trong lịch sử, không huyền thoại, không dã sử, đây là hiện tượng khá độc đáo trong lịch sử Phật giáo và lịch sử Việt Nam, đã gần bảy trăm năm trôi qua, đến nay bài học về chọn người, dùng người hiền tài trong thời Trần vẫn còn nguyên giá trị rất lớn cho hậu thế nhiều bài học.

Lựa chọn Nhị tổ Thiền phái Trúc Lâm, Thiền sư Pháp Loa là Sơ tổ Trúc Lâm Đại sĩ Trần Nhân Tông. Trần Nhân Tông người sáng lập Thiền phái Trúc Lâm một dòng thiền riêng có ở Việt Nam còn tồn tại và phát triển tới ngày nay. Trần Nhân Tông (1258-1308), năm 16 tuổi làm thái tử, năm 20 tuổi lên ngôi vua, trên ngai vàng Trần Nhân Tông đã lãnh đạo quân dân Đại Việt đánh tan hai cuộc xâm lược của quân Nguyên Mông, tạo nên hào khí Đông A nức tiếng trong lịch sử Việt Nam,  năm 35 tuổi nhường ngôi cho con rồi làm Thái thượng hoàng để giúp con vững vàng trên ngôi vua trị vì thiên hạ, năm 41 tuổi xuất gia tu hành ở núi Yên Tử và lập nên Thiền phái Trúc Lâm.

Nhị tổ Thiền phái Trúc Lâm Pháp Loa (1284-1330), năm 20 tuổi mới xuất gia theo Trần Nhân Tông, năm 21 tuổi được thọ giới Tỳ-kheo, năm 24 tuổi được Sơ tổ Trần Nhân Tông trao truyền y bát để nối tiếp Nhị tổ Thiền phái Trúc Lâm. Việc chọn Pháp Loa làm Nhị tổ là một hiện tượng lạ của Phật giáo Việt Nam lúc bấy giờ bởi: Đệ tử theo Sơ tổ rất đông, người thân cận bên cạnh Sơ tổ có tới bảy tám người, đều là những người tu trước Pháp Loa khá lâu, có người lớn tuổi hơn và học hành nhiều hơn Pháp Loa. Sơ tổ chọn Pháp Loa để trao truyền vị trí Nhị tổ nối dòng Trúc Lâm, bỏ qua truyền thừa theo truyền thống thế thứ đối với các vị tu trước, có vị là bậc thầy của Pháp Loa; bỏ chứng chỉ học thuật, trước tác bởi Pháp Loa mới xuất gia được bốn năm, việc học, việc trước tác chắc hẳn còn xa nhiều vị.

Qua việc lựa chọn của Sơ tổ đối với Pháp Loa, chứng tỏ sự tin tưởng và tầm nhìn xa rộng của Sơ tổ đối với Phật giáo và đối với cá nhân Pháp Loa, đồng thời khẳng định tính linh hoạt theo tinh thần của Phật giáo (khế lý, khế cơ, khế thời, khế xứ) trong sử dụng người hiền tài đáp ứng cho yêu cầu trước mắt và lâu dài của Phật giáo Việt Nam. Việc Sơ tổ chọn Pháp Loa một người tuổi đời rất trẻ, tuổi đạo rất ít trong một giáo đoàn Phật giáo bây giờ rất đông các bậc trưởng thượng, thể hiện quan điểm dùng người phải chọn người hiền tài, không câu nệ ở thế thứ, tuổi tác. Đây cũng là một trong những hiện tượng tiêu biểu của Phật giáo Việt Nam thời Trần. Điều chọn của Sơ tổ cho thấy Pháp Loa phải là bậc xuất chúng trong tu Phật ở nhiều mặt: Xuất sắc trong học thuật (dù mới học), trang nghiêm giới đức (dù còn trẻ) và khả năng tổ chức phát triển Giáo hội Trúc Lâm lúc bấy giờ (dù chưa thể hiện), nhưng Sơ tổ đã nhìn thấy khả năng, tố chất tiềm ẩn trong con người Pháp Loa, để khi chính ngôi trong cương vị Nhị tổ, tố chất và tiềm năng ấy đã được tỏa sáng.

Và Sơ tổ chọn Pháp Loa quả thực không sai, 27 năm trong cương vị Nhị tổ thiền phái Trúc Lâm, Thiền sư Pháp Loa đã cống hiến cho Giáo hội Trúc Lâm và dân tộc trí tuệ, tâm đức của Ngài với kết quả đáng khâm phục: xây dựng, củng cố tổ chức Giáo hội quy củ, thông qua quản lý chặt chẽ người tu hành, lập sổ bộ Tăng tịch để quản lý Tăng sĩ xuất gia; mở trường bồi dưỡng đào tạo Tăng tài nhằm nâng cao năng lực tu tập và hoằng dương Phật pháp cho Tăng Ni, biên soạn kinh sách để hệ thống hóa kinh điển, giáo lý của Đức Phật; đưa Phật giáo đi sâu vào đời sống nhân gian để cố kết nhân tâm vun bồi trí đức cho nhân dân,... 

Trong cương vị Nhị tổ 27 năm, Thiền sư Pháp Loa đã tôn tạo trên 1.300 pho tượng Phật, mở thêm hai đại già-lam (Côn Sơn và Thanh Mai), lập nhiều tháp, mở nhiều Tăng đường, cho khắc in bộ Đại tạng kinh, độ cho gần 15.000 vị sư, đệ tử đắc pháp hơn 3.000 vị, Đại pháp sư có 6 vị,… [Thiền sư Pháp Loa - Nhị tổ Thiền phái Trúc Lâm, Côn Sơn Kiếp Bạc, 2015].