Giáo hội hình thành trong cuộc đấu tranh đòi bình đẳng tôn giáo năm 1963 dưới thời Đệ Nhất Cộng hòa ở miền Nam Việt Nam. Vì chính sách nhiều người cho là ưu đãi Công giáo của chính phủ Ngô Đình Diệm, Phật tử miền Nam Việt Nam đã xuống đường đông đảo ủng hộ Phật giáo ở Huế, Đà Nẵng và Sài Gòn.. Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất chính thức khai sinh tháng 1 năm 1964 nhằm quy tụ các hội đoàn, tông phái Phật giáo về một mối.